MISpheroID: a knowledgebase and transparency tool for minimum information in spheroid identity
Arne Peirsman
(1, 2, 3)
,
Eva Blondeel
(1, 2)
,
Tasdiq Ahmed
(4, 5)
,
Jasper Anckaert
(1, 2)
,
Dominique Audenaert
(2)
,
Tom Boterberg
(3)
,
Krisztina Buzas
(6)
,
Neil Carragher
(7)
,
Gastone Castellani
(8)
,
Flávia Castro
(9)
,
Virginie Dangles-Marie
(10, 11)
,
John Dawson
(7)
,
Pascal de Tullio
(12)
,
Elly de Vlieghere
(1, 2)
,
Sándor Dedeyne
(1, 2)
,
Herman Depypere
(3)
,
Akos Diosdi
(13)
,
Ruslan Dmitriev
(2)
,
Helmut Dolznig
(14)
,
Suzanne Fischer
(1, 2)
,
Christian Gespach
(15)
,
Vera Goossens
(2)
,
Jyrki Heino
(16)
,
An Hendrix
(1, 2)
,
Peter Horvath
(13)
,
Leoni Kunz-Schughart
(17, 18)
,
Sebastiaan Maes
(3)
,
Christophe Mangodt
(1, 2)
,
Pieter Mestdagh
(1, 2)
,
Soňa Michlíková
(17, 18)
,
Maria José Oliveira
(9)
,
Francesco Pampaloni
(19)
,
Filippo Piccinini
(20)
,
Cláudio Pinheiro
(1, 2)
,
Jennifer Rahn
(21)
,
Stephen Robbins
(21)
,
Elina Siljamäki
(16)
,
Patrick Steigemann
(22)
,
Gwen Sys
(3, 2)
,
Shuichi Takayama
(4, 5)
,
Anna Tesei
(20)
,
Joeri Tulkens
(1, 2)
,
Michiel van Waeyenberge
(3)
,
Jo Vandesompele
(1, 2)
,
Glenn Wagemans
(1, 2)
,
Claudia Weindorfer
(14)
,
Nurten Yigit
(1, 2)
,
Nina Zablowsky
(22)
,
Michele Zanoni
(20)
,
Phillip Blondeel
(3)
,
Olivier de Wever
(1, 2)
1
CRIG -
Cancer Research Institute Ghent [Gand, Belgique]
2 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand
3 Ghent University Hospital
4 Georgia Institute of Technology [Atlanta]
5 Emory University School of Medicine
6 University of Szeged [Szeged]
7 Cancer Research UK Edinburgh Centre [Edinburgh, UK]
8 UNIBO - Alma Mater Studiorum Università di Bologna = University of Bologna
9 Universidade do Porto = University of Porto
10 Département de Recherche Translationnelle
11 UPD5 - Université Paris Descartes - Paris 5
12 CIRM - Centre de recherche interdisciplinaire sur les médicaments [Liège, Belgium]
13 Biological Research Center [Hungarian Academy of Sciences]
14 Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna
15 La signalisation TGF-ß dans la plasticité cellulaire et le cancer [CRSA]
16 University of Turku
17 University Hospital Carl Gustav Carus [Dresden, Germany]
18 HZDR - Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf
19 Goethe-Universität Frankfurt am Main
20 Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS
21 University of Calgary
22 Nuvisan ICB GmbH - Nuvisan Innovation Campus Berlin [Berlin, Germany]
2 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand
3 Ghent University Hospital
4 Georgia Institute of Technology [Atlanta]
5 Emory University School of Medicine
6 University of Szeged [Szeged]
7 Cancer Research UK Edinburgh Centre [Edinburgh, UK]
8 UNIBO - Alma Mater Studiorum Università di Bologna = University of Bologna
9 Universidade do Porto = University of Porto
10 Département de Recherche Translationnelle
11 UPD5 - Université Paris Descartes - Paris 5
12 CIRM - Centre de recherche interdisciplinaire sur les médicaments [Liège, Belgium]
13 Biological Research Center [Hungarian Academy of Sciences]
14 Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna
15 La signalisation TGF-ß dans la plasticité cellulaire et le cancer [CRSA]
16 University of Turku
17 University Hospital Carl Gustav Carus [Dresden, Germany]
18 HZDR - Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf
19 Goethe-Universität Frankfurt am Main
20 Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS
21 University of Calgary
22 Nuvisan ICB GmbH - Nuvisan Innovation Campus Berlin [Berlin, Germany]
Arne Peirsman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239401
- ORCID : 0000-0002-6519-8367
Eva Blondeel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239402
- ORCID : 0000-0002-2570-2207
Tasdiq Ahmed
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239403
- ORCID : 0000-0003-3297-9746
Neil Carragher
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239404
- ORCID : 0000-0001-5541-9747
Flávia Castro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239405
- ORCID : 0000-0002-2273-2806
Virginie Dangles-Marie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1216032
- ORCID : 0000-0003-0845-2936
- IdRef : 136163092
Elly de Vlieghere
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239406
- ORCID : 0000-0003-0618-2258
Sándor Dedeyne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239407
- ORCID : 0000-0002-0031-1306
Akos Diosdi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239408
- ORCID : 0000-0002-3118-5576
Ruslan Dmitriev
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239409
- ORCID : 0000-0002-0347-8718
Helmut Dolznig
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239410
- ORCID : 0000-0002-6063-3585
Suzanne Fischer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239411
- ORCID : 0000-0002-1714-556X
An Hendrix
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239412
- ORCID : 0000-0002-1883-8309
Leoni Kunz-Schughart
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239413
- ORCID : 0000-0003-3912-6594
Christophe Mangodt
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239414
- ORCID : 0000-0002-5465-6019
Pieter Mestdagh
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239415
- ORCID : 0000-0001-7821-9684
Soňa Michlíková
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239416
- ORCID : 0000-0002-1658-4632
Maria José Oliveira
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239417
- ORCID : 0000-0002-0724-0272
Filippo Piccinini
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239418
- ORCID : 0000-0002-0371-7782
Patrick Steigemann
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239419
- ORCID : 0000-0003-4748-3989
Shuichi Takayama
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239420
- ORCID : 0000-0002-4385-9080
Anna Tesei
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239421
- ORCID : 0000-0002-8351-5952
Jo Vandesompele
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239422
- ORCID : 0000-0001-6274-0184
Nurten Yigit
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1239423
- ORCID : 0000-0003-1183-8688
Olivier de Wever
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784277
- ORCID : 0000-0002-5453-760X
Résumé
Abstract Spheroids are three-dimensional cellular models with widespread basic and translational application across academia and industry. However, methodological transparency and guidelines for spheroid research have not yet been established. The MISpheroID Consortium developed a crowdsourcing knowledgebase that assembles the experimental parameters of 3,058 published spheroid-related experiments. Interrogation of this knowledgebase identified heterogeneity in the methodological setup of spheroids. Empirical evaluation and interlaboratory validation of selected variations in spheroid methodology revealed diverse impacts on spheroid metrics. To facilitate interpretation, stimulate transparency and increase awareness, the Consortium defines the MISpheroID string, a minimum set of experimental parameters required to report spheroid research. Thus, MISpheroID combines a valuable resource and a tool for three-dimensional cellular models to mine experimental parameters and to improve reproducibility.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]Origine | Publication financée par une institution |
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